Πάτμιος, ανηψιός του Πατριάρχου Παρθενίου Β’, τον οποίο διεδέχθει στον Πατριαρχικό Θρόνο Αλεξανδρείας. Υπεστήριξε την μετανάστευση των Ελλήνων στην Αίγυπτο με την παράλληλη εύνοια του αναμορφωτή της χώρας Μωχάμετ Άλη. Το έτος 1818 αρρώστησε και μετέβη στην Πάτμο προς ανάρρωση, όπου μυήθηκε στην Φιλική Εταιρεία. Με την έναρξη της Ελληνικής Επαναστάσεως ο Θεόφιλος επέστρεψε και πάλι στην Πάτμο, παραμείνας εκεί καθ’  όλη την διάρκεια του εθνικού αγώνα. Την 14η Οκτωβρίου 1825 ο Οικουμενικός Πατριάρχης Χρύσανθος, πιεσθείς από την Υψηλή Πύλη, συνεκάλεσε Σύνοδο στην Κωνσταντινούπολη και έπαυσε τον Θεόφιλο από τα καθήκοντά του εξαιτίας της μακροχρόνια απουσίας του από την Πατριαρχική έδρα. Ο Θεόφιλος παρέμεινε στην γενέτειρα νήσο του έως την κοίμησή του
(24 Ιανουαρίου 1833).