Διαδεχθείς τον Πατριάρχη Αλεξανδρείας Γεράσιμο Β’  αντιμετώπισε το πρόβλημα της παράλληλης εκλογής ετέρου Πατριάρχου Αλεξανδρείας, του από Κλαυδιουπόλεως Κοσμά, από το Οικουμενικό Πατριαρχείο, το οποίο επέτυχε και την έκδοση Σουλτανικού φιρμανίου αναγνωρίσεως του δευτέρου ως Προκαθημένου της Εκκλησίας Αλεξανδρείας. Δύο χρόνια αργότερα ο νέος Οικουμενικός Πατριάρχης Κυπριανός Β’ ανεγνώρισε τον Σαμουήλ ως τον κανονικό Πατριάρχη Αλεξανδρείας. Εκοιμήθη τον Σεπτέμβριο του έτους 1723.