Κατά την πατριαρχία του συνεχίσθησαν οι εντάσεις περί του Σιναϊτικού  Μετοχίου του Καΐρου, οι οποίες προεκάλεσαν την παρέμβαση του Σουλτάνου Μωάμεθ Δ’ (1648-1687) υπέρ των Σιναϊτών μοναχών. Ο Πατριάρχης Ιωαννίκιος εκοιμήθη την 15η Σεπτεμβρίου 1657, συνεπεία λοιμικής νόσου.