Η ΑΘΜ ο Πάπας καΙ Πατριάρχης Αλεξανδρείας και πάσης Αφρικής κ.κ.Θεόδωρος, πληροφορηθείς κατά την διάρκεια της Θείας Λειτουργίας, στον εορτάζοντα Ιερό Πατριαρχικό Ναό Οσίου Σάββα του Ηγιασμένου Αλεξανδρείας, την προς Κύριον εκδημία του μακαριστού Πατριάρχου Μόσχας και πάσης Ρωσίας κυρού Αλεξίου Β’, με συγκίνηση ετέλεσε δέηση υπέρ αναπαύσεως της ψυχής του αοιδίμου Προκαθημένου της Ρωσικής Εκκλησίας και ωμίλησε περί αυτού στο πολυπληθές εκκλησίασμα, αναφερθείς στους πολυετείς πνευματικούς δεσμούς που τον συνέδεαν με τον Πατριάρχη Αλέξιο Β’.
Ο Μακαριώτατος συνεδέθη με τον εκλιπόντα Πρωθιεράρχη από του έτους 1985, όταν διωρίσθη Έξαρχος του Πατριαρχείου Αλεξανδρείας στην Ρωσική Εκκλησία, ιδιαιτέρως όμως από του έτους 1986, όταν ο μακαριστός Πατριάρχης Αλεξανδρείας Νικόλαος ΣΤ’ εκοιμήθη αιφνιδίως στην Ρωσία, κατά την διάρκεια επισήμου επισκέψεως. Ο τότε Μητροπολίτης Λένιγκραντ, μετέπειτα Πατριάρχης Αλέξιος Β’, συνέδραμε ολοπροθύμως τον Αλεξανδρινό Έξαρχο στην περάτωση των διαδικασιών προετοιμασίας και μεταφοράς της σορού του Πατριάρχου Νικολάου ΣΤ, συνοδεύσας αυτήν έως την Αίγυπτο.
Κατά την διάρκεια της πατριαρχείας του ο μακαριστός Αλέξιος Β’ περιέβαλε με πατρική αγάπη και αδιάπτωτο ενδιαφέρον τον από του έτους 1990 Επίσκοπο Κυρήνης πλέον και Έξαρχο της Αλεξανδρινής Εκκλησίας στην Ρωσία, νυν Μακ.Πατριάρχη κ.κ.Θεόδωρο Β’, και συνέδραμε παντοιοτρόπως το Πρεσβυγενές Πατριαρχείο, ιδίως μετά την ανάδειξη του Μακ.Θεοδώρου Β’ στον Αποστολικό και Πατριαρχικό Θρόνο του Αγίου Μάρκου (2004).
Τον Οκτώβριο του έτους 2007 η ΑΘΜ πραγματοποίησε επίσημη Ειρηνική Επίσκεψη στην Εκκλησία της Ρωσίας, στα πλαίσια της οποίας είχε την ευκαιρία να έχει σειρά ιδιαιτέρων επαφών με τον αείμνηστο Πατριάρχη Αλέξιο Β΄, με τον οποίο συναντήθηκε για τελευταία φορά στην Κωνσταντινούπολη, την 11η και 12η Οκτωβρίου ε.ε., κατά την συγκληθείσα από την ΑΘΠ τον Οικουμενικό Πατριάρχη κ.κ.Βαρθολομαίο Σύναξη των Προκαθημένων.
Αμέσως μετά την εκδημία του Ρώσου Προκαθημένου ο Μακαριώτατος απέστειλε προς την Ιερά Σύνοδο του Πατριαρχείου Μόσχας και πάσης Ρωσίας την εξής συλλυπητήρια Πατριαρχική Επιστολή:
«Αριθμ.Πρωτ.583
Πρός
την Ιεράν Σύνοδον
του Πατριαρχείου Μόσχας καί πάσης Ρωσίας
εις Μόσχαν
Σεβασμιώτατοι αγιοι Αδελφοί,
Επί τω θλιβερώ αγγέλματι της πρός Κύριον εκδημίας του μακαριστού Πατριάρχου Υμών κυρού Αλεξίου Β’, του επί έτη πολλά ικανώς ποδηγετήσαντος την κατά Ρωσίαν Αγιωτάτην Εκκλησίαν καί υπό του οποίου καί ημείς προσωπικώς, κατά τα έτη της Εξαρχικής ημών διακονίας εκείσε, ως καί ο καθ’ ημάς Αποστολικός καί Πατριαρχικός Θρόνος, ετύχαμεν της ευεργετικης αυτού συναρωγής καί συναντιλήψεως, διά του παρόντος αδελφικοῦ ημών Γράμματος, μεταφέρομεν πρός Υμάς καί σύμπασαν την Ιεραρχίαν, τον Ιερόν Κλήρον καί το Χριστεπώνυμον Πλήρωμα της Ρωσικής γης τας ολοθύμους συλλυπητηρίους ευχάς ημών, προσευχόμενοι όπως ο Κύριος της Αιωνίου Ζωής κατατάξη Αυτόν μετά Αγίων καί Δικαίων, αναδείξη δε αντάξιον αυτού διάδοχον.
Επί δε τούτοις, ευχόμενοι καί Υμίν μακροημέρευσιν, εν ευλογίαις θείων θησαυρισμάτων καί δωρημάτων, διατελούμεν μετά της εν Κυρίω αγάπης και τιμής εξιδιασμένης.
Αγαπητός εν Χριστώ αδελφός
†Ο Πάπας και Πατριάρχης Αλεξανδρείας και πάσης Αφρικής
Θ Ε Ο Δ Ω Ρ Ο Σ Β’
Εν τη Μεγάλει Πόλει της Αλεξανδρείας
τη 5η Δεκεμβρίου 2008»
