Γεννήθηκε στην Πάτμο. Η εν γένει εκκλησιαστική του δράση δεν είναι γνωστή. Επεσκεύασε την πολυαιώνια Ιερά Μονή του Αγίου Γεωργίου Παλαιού Καΐρου και ανασυγκρότησε την Πατριαρχική Βιβλιοθήκη. Μετά την νίκη των Γάλλων στην Αίγυπτο υπό την ηγεσία του Ναπολέοντα Βοναπάρτη,  ο Πατριάρχης Παρθένιος Β’ υπέστη τρομερό διωγμό από τους Άραβες, αναγκασθείς να καταφύγει αρχικά στο Ραχήτιο και κατόπιν στην Ρόδο, όπου εκοιμήθη την 9η Σεπτεμβρίου 1805.